Softwares para fazer banners:

Todo bom site tem um bom template.
Todo bom template tem um bom banner.
Todo bom banner precisa de um bom preparo.
Onde fazer esse preparo?
Qual o melhor software para desenhá-lo?
Há no mercado grandes opções de softwares para realizar esse trabalho.
Qual utilizar isso depende exclusivamente de você, o tempo disponível, os efeitos que deseja...

4 excelentes opções:

• Banner Make Pro: um software próprio para criação de banner.
  Fácil de mexer (informe tamanho, cor, figuras, texto, efeitos e salve) mas, com um belo efeito profissional.
  Recomendado a todos que estão começando.
• Flash: O melhor e mais profissional de todos.
  Efeitos de cair o queixo, belas transições de imagens...mas, dependendo do tamanho, pode pesar de mais em um site que está começando.
• 3D Flash Animator: Para quem deseja os belos efeitos do Flash sem todo o trabalho que dá.
  Os efeitos desse programa que é muito mais leve são excelentes e também facílimo de utilizar.
• Photoshop: Para quem está acostumado a trabalhar com suas inúmeras camadas com certeza vale a pena.
  Pode o banner ficar pesado mas aí, depende do designer decidir se irá comprimí-lo ou não (perde um pouco a qualidade porém, o tamanho economizado, às vezes, compensa).

Qual deles utilizar?
Para quem está começando na área recomendo o Banner Make Pro, fácil de encontrar no Baixaki, rápido de utilizar e não exige nenhum conhecimento específico.

Para um site que já está há um bom tempo no ar, com um webdesigner experiente com certeza Flash e Photoshop são as opções ideais para dar aquele efeito.

Lembre-se: um bom site vive de conteúdo relevante! Não adianta enfeitá-lo ao máximo se não o atualiza constantemente com bons textos afinal, se quer ser indexado bem pelo Google essa é a melhor opção.